Para poder eliminar archivos duplicados en linux, tenemos una herramienta llamada fdupes, mediante la cual podemos detectar archivos que sean iguales, por ejemplo de la siguiente forma:

Y ahora podemos usar la herramienta fdupes dentro del script:

#!/bin/bash
 
# Comprobar si fdupes está instalado
if ! command -v fdupes &> /dev/null
then
    echo "fdupes no está instalado. Por favor, instálalo para usar este script."
    exit 1
fi
 
# Buscar y mostrar los archivos duplicados en el directorio actual
archivos=$(fdupes -r . | sed 's/^..//')
 
# Eliminar los archivos duplicados de manera interactiva
echo "$archivos" | while read -r line; do
    rm "$line"
done

Por ejemplo tenemos estos archivos repetidos:

Y ahora ya no lo hay: